1779: Le manuscrit A.-C. Chavannes (le plus ancien catalogue des collections cantonales réunies dans le Cabinet des curiosités de l’Académie), mentionne les collections d’histoire naturelle suivantes : " 678 coquilles, 377 pétrifications. 239 oiseaux étrangers et indigènes, une petite collection de serpents du Surinam et quelques quadrupèdes à l’eau de vie, quelques insectes et oiseaux en tableaux".
1818: Sur l’instigation de MM. Daniel-Alexandre Chavannes et Charles Lardy, création du Musée cantonal. Cette initiative est motivée par la crainte que les œuvres du peintre Louis Ducroz soient dispersées en Suisse et à l’étranger auprès de collectionneurs privés.
1833: Acquisition par souscription publique de la collection de Daniel-Alexandre Chavannes (principalement oiseaux et mammifères de Suisse et exotiques) assortie d’un inventaire détaillé, à l’origine des collections du Musée de zoologie.
1852-1855: Etablissement des deux inventaires des coquilles terrestres et fluviatiles de la collection Jean de Charpentier, léguée au Musée à son décès.
1852-1863: Publication des travaux de Jean de la Harpe sur les phalènes de Suisse et dépôt de sa collection de référence au Musée, assortie d’un inventaire.
1886: Acquisition par souscription publique de la collection ornithologique de Claude-Auguste Vouga, dit le capitaine Vouga, assortie de l’inventaire de 1079 oiseaux de la faune paléarctique.
1889: Acquisition de la collection des fourmis de Suisse d’Auguste Forel, recensant les espèces publiées dans sa " Faune de Suisse " en 1873.
1906-1909: Déménagement du Musée de l’Ancienne Académie au Palais de Rumine ; inauguration des nouvelles salles du Musée en septembre 1909. Depuis cette date les structures et les outils du Musée ont bien entendu évolué mais la présentation du monde animal est restée pratiquement la même, offrant aux visiteurs une ambiance délicieusement désuète pour les plus nostalgiques, voire carrément démodée pour les plus progressistes.
1940: Acquisition de la collection d’Hémiptères du chanoine Nestor Cerutti (50'000 spécimens).
1956: Construction de nouveaux locaux sur les cours intérieures du Palais de Rumine pour désengorger les bureaux et les salles de collections.
1974: Le Ciné du Musée fait ses débuts le mercredi après-midi dans l’auditoire XIX.
1977: Vera Nabokov fait don de la collection de Lépidoptères de son mari Vladimir Nabokov.
1982: Acquisition de la collection de fourmis d'Heinrich Kutter; 25'000 spécimens de la faune suisse, 25'000 spécimens de la faune mondiale, types et cotypes, ainsi que de sa bibliothèque.
1983: Le Musée prend possession des locaux de l'aile sud laissés vacants par le départ de l'institut de Biologie animale à Dorigny.
1997: Rénovation du corps central du Palais de Rumine, inauguration de l’Espace Arlaud et du Dépôt et Abri des Biens Culturels à Lucens.
1999: Ouverture du Département de cryptozoologie "Bernard Heuvelmans"